Jeśli DeployR jest zainstalowany w środowisku Linux przy użyciu użytkownika root, Tomcat, MongoDB, Rserve procesów, jak również sesje R wywoływana, aby uruchamiać skrypty będą wszystkie Uruchom jako użytkownik "Apache". Dostęp do skryptów i zestawów danych, jak również wszelkich kontroli dostępu Selinuksa powinna brać to pod uwagę.
Jeśli DeployR jest instalowany za pomocą zwykłego użytkownika, wszystkie procesy DeployR i sesje R będzie uruchamiana jako użytkownik.
W przypadku instalacji innego niż główny DeployR jest zalecane w systemie Linux.