Ако DeployR е инсталиран в Linux среда using корен потребител, котарак, MongoDB, Rserve наред R сесии, използвани за изпълнение на скриптове ще работят като потребител "Apache". Достъп до скриптове и набори от данни, както и SELinux достъп контрол трябва да отчита това.
Ако DeployR е инсталиран с помощта на non корен потребител, всички DeployR процеси и R сесии ще изпълни като този потребител.
Инсталиране – корена на DeployR се препоръчва на Linux.