DeployR in einer Linux-Umgebung mit dem Root-Benutzer Tomcat, MongoDB, installiert Rserve Prozesse als auch die R aufgerufen, um Skripts alle Benutzer "Apache" läuft. Skripts und Datasets sowie alle Zugriffskontrollen SELinux berücksichtigen dies.
DeployR mit einem nicht-Root-Benutzer installiert wird, werden alle DeployR Prozesse und R-Sessions als dieser Benutzer ausgeführt. Unter Linux wird eine nicht-Root-Installation von DeployR empfohlen.