Εάν το DeployR είναι εγκατεστημένο σε ένα περιβάλλον Linux χρησιμοποιώντας το ριζικό χρήστη, το Tomcat, MongoDB, Rserve διαδικασίες, καθώς και οι Σύνοδοι R που καλείται για να εκτελείτε δέσμες ενεργειών θα όλοι λειτουργούν ως χρήστης 'Apache'. Πρόσβαση σε δέσμες ενεργειών και σύνολα δεδομένων, καθώς και οποιαδήποτε στοιχεία ελέγχου πρόσβασης SELinux θα πρέπει να λαμβάνει υπόψη.
Εάν DeployR την εγκατάσταση χρησιμοποιώντας έναν μη ριζικό χρήστη, όλων των DeployR διαδικασιών και R περίοδοι λειτουργίας θα εκτελεστεί ως ο συγκεκριμένος χρήστης. Προτείνεται μια εγκατάσταση μη ρίζας του DeployR σε Linux.