Ja DeployR ir instalēta Linux vidē root lietotājam, runcis MongoDB, izmantojot Rserve apstrādā kā palaist skriptus darbosies kā lietotājs "Apache" izsaukts R sesijas. Skriptus un datu kopas, kā arī SELinux iekļūšanas kontroli tas jāņem vērā.
Ja DeployR ir instalēta, izmantojot-root lietotāja, visu DeployR procesu un R sesijas darbosies kā lietotājam.
DeployR-saknes instalēšanas ieteicams Linux.