Problemet
Når jeg var installere DeployR på vår Server jeg endret banen til installasjonsmappen og dermed den ble ikke riktig installert.
Det virker som installasjonspakken i mongo ikke liker mellomrom i banen til filen (jeg var installere til C:\Program Files).
Løsning
Avinstaller og installer DeployR på nytt ved hjelp av standardbane og det vil fungere.