Hvis DeployR er installert i et Linux-miljø ved hjelp av rotbrukeren, Tomcat, MongoDB, vil Rserve prosesser samt R-økter som er startet for å kjøre skript alle kjøre som bruker "Apache". Tilgang til skript og datasett, samt eventuelle tilgangskontroller for SELinux bør ta dette i betraktning.
Hvis DeployR er installert ved hjelp av en ikke-primære brukeren, kjøres alle prosesser i DeployR og R-økter som denne brukeren.
En ikke-root-installasjon av DeployR anbefales for Linux.