Problema
Quando estivesse a instalar DeployR no nosso servidor alterei o caminho para a pasta de instalação e como resultado de falha ao instalar correctamente.
Parece que o pacote de instalação mongo não ficar satisfeito com espaços no caminho do ficheiro (estivesse a instalar para C:\Program Files).
Solução
Desinstale e instale o DeployR novamente utilizando o caminho predefinido e, em seguida, irá funcionar.