Se DeployR estiver instalado num ambiente Linux utilizando o utilizador raiz, o Tomcat, MongoDB, Rserve processos, bem como as sessões de R invocadas para executar scripts todos executará como utilizador 'Apache'. Acesso a scripts e conjuntos de dados, bem como quaisquer controlos de acesso de SELinux devem ter isto em conta.
Se DeployR estiver instalado utilizando um utilizador raiz não, todos os processos de DeployR e sessões de R serão executado como esse utilizador. Recomenda-se uma instalação de raiz não do DeployR em Linux.