Outlook Mobile хранит письма в незашифрованном виде?

Применяется к
Outlook для Android Outlook для iOS

Нет. Протокол S/MIME работает на основе модели «нулевого доверия», поэтому после шифрования сообщения и отправки с устройства, оно недоступно до тех пор, пока не будет расшифровано целевым получателем.

См. также

Настройка Outlook для использования шифрования S/MIME в Outlook для Windows