与 segfault 的 MapR 4.0.1 版︰ 革命 R 作业失败

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在 MapR 4.0.1 版群集上,革命 R mapreduce 作业可能会失败,错误︰

2015-02-13 08:00:37、 657 致命 [IPC 服务器上处理程序 2 52243] org.apache.hadoop.mapred.TaskAttemptListenerImpl︰ 任务︰ attempt_1423734868663_0289_m_000000_0-退出︰ java.io.IOException: R 虚拟机退出,退出代码︰ 1,输出︰
启动脚本
[1],则返回 TRUE
$fileName 
[1] NA
$start 
[1] 0
$length 
[1] 0
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_Z21CriticalSignalHandleri+0x1e)[0x7fe02d3d423e] 
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(+0x7e2628)[0x7fe0282f8628] 
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(JVM_handle_linux_signal+0x95)[0x7fe0282fea55] 
/lib64/libpthread.so.0[0x30cec0f710] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZNK10CxAnalysis19HaveWriteDataSourceEv+0x0)[0x7fe02acbc280] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZN10CxAnalysis18GetWriteDataSourceEv+0x9)[0x7fe02acbcb49] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z19RxComputeHadoopTaskR11RListObjectR11RxAllocator+0x3b3)[0x7fe02e2a5d23] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z10RxUtilBaseP7SEXPREC+0x6db)[0x7fe02e2b2fab] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(RxUtil+0x34)[0x7fe02e2b3f14] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0x9f36b)[0x7fe04083536b] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_eval+0x871)[0x7fe04086be91] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_ReplIteration+0x212)[0x7fe0408946a2] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0xfea59)[0x7fe040894a59] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(run_Rmainloop+0x44)[0x7fe040894f64] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R(main+0x1b)[0x40084b] 
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x30ce41ed5d] 
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R[0x400739] 
分段错误。

在 com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.waitFor(Rscript.java:103)
在 com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.run(Rscript.java:59)
在 com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.RDelegatingMapper.run(RDelegatingMapper.java:73)
在 org.apache.hadoop.mapred.MapTask.runNewMapper (MapTask.java:773)
在 org.apache.hadoop.mapred.MapTask.run (MapTask.java:345)
在 org.apache.hadoop.mapred.YarnChild$2.run (YarnChild.java:167)
在 java.security.AccessController.doPrivileged (本机方法)
在 javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:415)
在 org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1469)
在 org.apache.hadoop.mapred.YarnChild.main (YarnChild.java:162)

MapR 4.0.1 版在平台上,这是因为使用不正确的 libhdfs.so 库的革命 R 企业环境配置。

若要变通解决此问题,请确认以下安装后配置步骤已采取的革命 R 7.3 MapR 4.0.1 版群集上︰

在"客户端"节点上,创建的每个用户的本机文件系统共享的目录︰

1.sudo mkdir-p /var/RevoShare/mapr
3.chmod 777 /var/RevoShare/mapr
4.添加。对 /home/mapr/.bash_profile /usr/lib64/Revo-7.3/scripts/RevoHadoopEnvVars.site

在每个工作节点上进行以下更改︰

# cp scaleR-hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ # ln -s /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so /usr/lib64 
# mv /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so.save



革命 R 安装自动在 $HADOOP_HOME/lib 创建一个链接到 scaleR 的 hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar。但是,这是不正确的目录 (已报告 bug) 并应链接的文件,或将其复制到 /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ 中。

链接 /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so /usr/lib64 在将确保正确 libhdfs.so 位于由革命。第三步则需要将问题 libhdfs.so 移开。

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