Problema
Cuando me DeployR de instalar en nuestro servidor cambiar ruta de acceso a la carpeta de instalación y como resultado no se pudo instalar correctamente.
Parece que el paquete de instalación de mongo no le gustan los espacios en la ruta de acceso del archivo (estaba instalando en C:\Program Files).
Solución
Desinstale e instale DeployR nuevo con la ruta de acceso predeterminada y, a continuación, funcionará.