הפועלים לפונקציית rxLogit() עשוי להיות צפוי להיות זהים לאלה glm() ושיחה rxGlm() על אותם נתוני עלול להחזיר תוצאות שונות מהצפוי.
בדוגמה הבאה פשוט, מקדמים שהוחזרו על-ידי glm() ו- rxGlm() תתאים אך אלה שהוחזרו על-ידי rxLogit() עשויות להיות שונות.
myFormula <- as.formula("y ~ x1 + x2 + x3 ")model <- rxLogit( myFormula, data = sampleData)
modelGLM <- glm(myFormula,family=binomial(logit),data=sampleData)
modelrxGLM <- rxGlm(myFormula,family=binomial(logit), data=sampleData)
המפתח הוא להגדיר initialValues = NA ב- rxLogit().
עבור rxLogit, initialValues ברירת המחדל NULL. מתוך העזרה עבור rxLogit: "הערכים ההתחלתיים צורך לאמוד בהתבסס על רגרסיה ליניארית. פעולה זו עשויה לזרז התכנסות במקרים רבים באופן משמעותי. אם המודל לא יצליח מתכנסת באמצעות ערכים אלה, הערכה היא באופן אוטומטי להפעיל מחדש באמצעות האפשרות NA עבור הערכים ההתחלתיים." אם נעשה שימוש NA, "התחלתי ערכי הפרמטרים מחושבים לפי שלב משוקלל הריבועים הפחותים". עבור rxGlm, initialValues ברירת המחדל של NA.
כך אם התוצאות המתקבלות rxLogit שונים באופן בלתי צפוי, ייתכן שהוא הדגם מתכנסת עם initialValues = NULL, הפונקציה מחזירה תוצאות שונות. כאשר הפעלת את הדוגמה עם initalValues = NA ב- rxLogit(), התאמת כל תוצאות.