אם DeployR מותקן בסביבת Linux באמצעות למשתמש הבסיס, Tomcat, MongoDB, תהליכים Rserve, כמו גם את ההפעלות R כדי להפעיל קבצי script כל תפעל כמשתמש 'Apache'. Access כדי קבצי script ונתונים (datasets), כמו גם כל בקרי גישה SELinux עליך לקחת זאת בחשבון.
אם DeployR מותקן באמצעות משתמש שאינו בסיס, כל התהליכים DeployR והפעלות R יפעל כמו אותו משתמש.
התקנה שאינה ספריית בסיס של DeployR מומלץ על Linux.