Jika DeployR diinstal di lingkungan Linux menggunakan user root, Tomcat, MongoDB, Rserve proses serta sesi R dipanggil untuk menjalankan skrip akan semua menjalankan sebagai pengguna 'Apache'. Akses ke skrip dan dataset serta kontrol akses SELinux harus mempertimbangkan ini.
Jika DeployR diinstal menggunakan pengguna non-root, semua sesi R dan DeployR proses akan berjalan sebagai pengguna.
Pemasangan non-akar DeployR disarankan Linux.