In un cluster, MapR 4.0.1 processi mapreduce R rivoluzione potrebbero non riuscire con l'errore:
2015-02-13 08:00:37, 657 FATAL [IPC Server gestore 2 52243] org.apache.hadoop.mapred.TaskAttemptListenerImpl: attività: attempt_1423734868663_0289_m_000000_0 - chiuso: java.io.IOException: VM R chiuso con codice di uscita: 1, uscita:
script di avvio
[1] VERO
$fileName
[1] NA
$start
[1] 0
$length
[1] 0
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_Z21CriticalSignalHandleri+0x1e)[0x7fe02d3d423e]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(+0x7e2628)[0x7fe0282f8628]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(JVM_handle_linux_signal+0x95)[0x7fe0282fea55]
/lib64/libpthread.so.0[0x30cec0f710]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZNK10CxAnalysis19HaveWriteDataSourceEv+0x0)[0x7fe02acbc280]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZN10CxAnalysis18GetWriteDataSourceEv+0x9)[0x7fe02acbcb49]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z19RxComputeHadoopTaskR11RListObjectR11RxAllocator+0x3b3)[0x7fe02e2a5d23]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z10RxUtilBaseP7SEXPREC+0x6db)[0x7fe02e2b2fab]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(RxUtil+0x34)[0x7fe02e2b3f14]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0x9f36b)[0x7fe04083536b]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_eval+0x871)[0x7fe04086be91]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_ReplIteration+0x212)[0x7fe0408946a2]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0xfea59)[0x7fe040894a59]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(run_Rmainloop+0x44)[0x7fe040894f64]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R(main+0x1b)[0x40084b]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x30ce41ed5d]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R[0x400739]
Errore di segmentazione.
in com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.waitFor(Rscript.java:103)
in com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.run(Rscript.java:59)
in com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.RDelegatingMapper.run(RDelegatingMapper.java:73)
in org.apache.hadoop.mapred.MapTask.runNewMapper (MapTask.java:773)
in org.apache.hadoop.mapred.MapTask.run (MapTask.java:345)
in org.apache.hadoop.mapred.YarnChild$2.run (YarnChild.java:167)
in java.security.AccessController.doPrivileged (metodo nativo)
in javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:415)
in org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1469)
in org.apache.hadoop.mapred.YarnChild.main (YarnChild.java:162)
Su piattaforme MapR 4.0.1, la causa è la configurazione dell'ambiente di rivoluzione R Enterprise utilizzando la libreria libhdfs.so errato.
Per aggirare il problema, verificare che le seguenti operazioni di configurazione post-installazione sono state adottate le rivoluzione R 7.3 nei cluster MapR 4.0.1:
Nel nodo "client", creare la directory condivisa del file System nativo per ogni utente:
1. sudo mkdir -p /var/RevoShare/mapr
3. chmod 777 /var/RevoShare/mapr
4. aggiungere. /usr/lib64/Revo-7.3/Scripts/RevoHadoopEnvVars.Site a /home/mapr/.bash_profile
In ogni nodo di lavoro, apportare le seguenti modifiche:
# cp scaleR-hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ # ln -s /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so /usr/lib64
# mv /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so.save
L'installazione di rivoluzione R crea automaticamente un collegamento a ridimensionamento-hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar $HADOOP_HOME/lib. Tuttavia, questa è la directory non corretta (è stato segnalato un bug) e il file deve essere collegato o copiato in /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/.
Collegamento /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so in /usr/lib64 avrà la certezza che è possibile trovare il libhdfs.so corretto da r di rivoluzione. Il terzo passaggio è necessario per spostare in modo libhdfs.so il problema.
