Als DeployR is geïnstalleerd in een Linux-omgeving met behulp van de hoofdgebruiker de Tomcat, MongoDB, wordt Rserve processen als de R-sessies aangeroepen om het uitvoeren van scripts alle uitvoeren als gebruiker 'Apache'. Toegang tot scripts en datasets, alsmede alle toegangscontroles SELinux moeten Hiermee rekening houden.
Als DeployR is geïnstalleerd met behulp van een niet-root gebruiker, alle DeployR processen en R-sessies worden uitgevoerd als die gebruiker.
Een niet-root-installatie van DeployR wordt aanbevolen voor Linux.