Op een cluster MapR 4.0.1 mislukken revolutie R mapreduce taken met de fout:
13-02-2015 08:00:37, 657 onherstelbare fout [IPC Server handler 2 op 52243] org.apache.hadoop.mapred.TaskAttemptListenerImpl: taak: attempt_1423734868663_0289_m_000000_0 - afgesloten: java.io.IOException: R VM is afgesloten met de afsluitcode: 1, uitvoer:
begin script
[1] WAAR
$fileName
[1] NB
$start
[1] 0
$length
[1] 0
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_Z21CriticalSignalHandleri+0x1e)[0x7fe02d3d423e]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(+0x7e2628)[0x7fe0282f8628]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(JVM_handle_linux_signal+0x95)[0x7fe0282fea55]
/lib64/libpthread.so.0[0x30cec0f710]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZNK10CxAnalysis19HaveWriteDataSourceEv+0x0)[0x7fe02acbc280]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZN10CxAnalysis18GetWriteDataSourceEv+0x9)[0x7fe02acbcb49]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z19RxComputeHadoopTaskR11RListObjectR11RxAllocator+0x3b3)[0x7fe02e2a5d23]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z10RxUtilBaseP7SEXPREC+0x6db)[0x7fe02e2b2fab]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(RxUtil+0x34)[0x7fe02e2b3f14]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0x9f36b)[0x7fe04083536b]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_eval+0x871)[0x7fe04086be91]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_ReplIteration+0x212)[0x7fe0408946a2]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0xfea59)[0x7fe040894a59]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(run_Rmainloop+0x44)[0x7fe040894f64]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R(main+0x1b)[0x40084b]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x30ce41ed5d]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R[0x400739]
Segmentatie fout.
op com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.waitFor(Rscript.java:103)
op com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.run(Rscript.java:59)
op com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.RDelegatingMapper.run(RDelegatingMapper.java:73)
bij org.apache.hadoop.mapred.MapTask.runNewMapper (MapTask.java:773)
bij org.apache.hadoop.mapred.MapTask.run (MapTask.java:345)
bij org.apache.hadoop.mapred.YarnChild$2.run (YarnChild.java:167)
bij java.security.AccessController.doPrivileged (eigen methode)
op javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:415)
op org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1469)
bij org.apache.hadoop.mapred.YarnChild.main (YarnChild.java:162)
Dit is op MapR 4.0.1 platforms, aan de revolutie R Enterprise omgeving configuratie met de verkeerde libhdfs.so-bibliotheek.
U kunt het probleem omzeilen, bevestig dat de volgende configuratie na de installatie stappen zijn ondernomen voor revolutie R 7.3 op MapR 4.0.1 clusters:
Maak de native filesystem gedeelde map voor elke gebruiker op het knooppunt 'client':
1. sudo mkdir -p /var/RevoShare/mapr
3. type chmod 777 /var/RevoShare/mapr
4. toevoegen. /usr/lib64/Revo-7.3/scripts/RevoHadoopEnvVars.site met /home/mapr/.bash_profile
Op elk knooppunt werknemer de volgende wijzigingen aanbrengen:
# cp scaleR-hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ # ln -s /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so /usr/lib64
# mv /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so.save
De installatie van de revolutie R maakt automatisch een koppeling naar scaleR hadoop-0,1 SNAPSHOT.jar in $HADOOP_HOME/lib. Echter, is dit de verkeerde map (een fout gerapporteerd) en het bestand moet worden gekoppeld aan of in de /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ gekopieerd.
Koppelen van /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so in /usr/lib64 zorgt ervoor dat de juiste libhdfs.so wordt gevonden door R. revolutie De derde stap is nodig om de libhdfs.so van het probleem uit de weg gaan.
