Problem
Uruchomiony skrypt lub wyniki polecenia R w błąd:
Błąd krytyczny: nie można utworzyć "R_TempDir"
Błąd: 18:25: nieoczekiwany symbol
17: r < - c (REVO = Revobase::getRevoRepos()
18: LOCAL_3.1
^
Wykonanie zatrzymany
Błąd: 18:25: nieoczekiwany symbol
17: r < - c (REVO = Revobase::getRevoRepos()
18: LOCAL_3.1
^
Wykonanie zatrzymany
Rozwiązanie
Jest to zazwyczaj z powodu niemożności zapisu bieżącej określony katalog tymczasowy dla sesji R, albo z powodu uprawnień lub wyczerpanie miejsca.
Domyślnie sesji R w systemie Linux zapisze jego plików tymczasowych dla każdej sesji w katalogu formularza '/ tmp/RtmpO2MIQ7' gdzie podkatalog/TMP jest generowany losowo dla każdej nowej sesji. W ramach tej sesji można określić bieżącego katalogu tymczasowego z polecenia tempdir(). Na początku sesji, R sprawdza najpierw, z kolei, czy TMPDIR, TMP oraz TEMP zmienne środowiskowe są ustawiane i użyć pierwszy kształt, który jest ustawiony jako katalog temp. Jeśli nie są ustawione, będzie domyślnie tmp. Jeśli TMP są niewystarczające do przechowywania tymczasowe pliki robocze tworzone przez niektóre operacje RevoScaleR, może stworzyć system alternatywny plik tymczasowy z większej ilości miejsca niż tmp i eksportowanie TMPDIR wskaż w środowisku.
W środowisku klastra należy to zrobić na wszystkich węzłach. Klastry LSF można znaleźć sekcji 7.8.1 RRE Podręcznik instalacji Linux LSF mogą zastąpić tę wartość TMPDIR w niektórych przypadkach, a mimo to przekierowanie plików tmp/tmp. Może to być wyłączone w lsf.conf.
