O preço final de itens que você compra na Microsoft Store é o mesmo, independentemente de como você paga, se está usando um cartão de presente, cartão de crédito, cartão de débito etc. Inclui impostos.
A exceção seria se você morasse em algum um lugar (p. ex: Dinamarca e Suécia) em que o imposto é cobrado quando o cartão-presente é comprado. Nesse caso, não seriam cobrados impostos quando você comprasse algo com ele.
Não há nenhuma tarifa para ter um conta Microsoft, para colocar dinheiro nela ou usá-la para compra nossos itens. Ou seja, é grátis!