Solução alternativa
Para contornar esse problema, execute o seguinte comando no Windows PowerShell:
Set-csPresenceManagementState -MaxPublishersPerBatch 1500 -NotificationBatchInterval 2
Resolução
Para resolver esse problema, instale a atualização cumulativa 6.0.9319.55 de junho de 2015 para o Microsoft Skype for Business Server 2015 (Servidor Front-End e Servidor de Borda).