Se DeployR estiver instalado em um ambiente Linux usando o usuário raiz, o Tomcat, o MongoDB, Rserve processos, bem como as sessões de R invocadas para executar scripts serão todos executados como usuário 'Apache'. Acesso a scripts e conjuntos de dados, bem como os controles de acesso SELinux devem levar isso em conta.
Se DeployR for instalado usando um usuário não-raiz, todos os processos de DeployR e sessões de R serão executado como usuário.
É recomendável uma instalação não-raiz do DeployR no Linux.