Dacă DeployR este instalat într-un mediu Linux folosind utilizatorul rădăcină, Tomcat, MongoDB, Rserve procese, precum şi sesiuni de R invocat pentru a executa scripturi va executa ca utilizator 'Apache'. Acces la scripturi și seturilor de date, precum și orice controale de acces SELinux aceasta ar trebui să ia în considerare.
Dacă DeployR este instalat utilizând un utilizator non-rădăcină, toate procese DeployR și R sesiuni se va executa ca respectivul utilizator.
O instalare non-rădăcină de DeployR este recomandată pe Linux.