Pokud DeployR je nainstalován v prostředí systému Linux pomocí uživatele root, Tomcat, MongoDB, Rserve procesy, jakož i relace R, vyvolání spuštění skriptů, budou všechny spustit jako uživatel "Apache". Přístup ke skriptům a datových sad, jakož i všechny ovládací prvky přístupu SELinux třeba vzít v úvahu.
Pokud DeployR instalaci pomocí nekořenové uživatele, všechny procesy DeployR a relace R spustit jako daný uživatel.
Jiné než kořenové instalace systému DeployR je vhodné na platformě Linux.