El precio final del material que compres en la Microsoft Store es el mismo, independientemente del método de pago: sea con tarjeta de regalo, tarjeta de crédito, tarjeta de débito, etc. Este precio ya incluye los impuestos.
La excepción sería si vives en otro lugar (por ejemplo, Dinamarca y Suecia), en donde los impuestos se recaudan al momento de comprar la tarjeta regalo; en ese caso, no se te cobrarán los impuestos al comprar con ella.
No se te cobrará ninguna tarifa por tener una cuenta de Microsoft, poner dinero en ella o usarla para comprar nuestros productos. Es decir, es gratis.