Problema
Quando estava instalando o DeployR em nosso servidor alterei o caminho para a pasta de instalação e como resultado da falha ao instalar corretamente.
Parece que o pacote de instalação mongo não gosta espaços no caminho do arquivo (eu estava instalando em C:\Program Files).
Solução
Desinstale e instale novamente usando o caminho padrão e, em seguida, ele irá funcionar de DeployR.