В кластере MapR 4.0.1 R революции mapreduce могут не выполняться задания с ошибкой:
2015-02-13 657 КРИТИЧЕСКИЕ [IPC Server обработчик 2 52243] org.apache.hadoop.mapred.TaskAttemptListenerImpl, 08:00:37: задачи: attempt_1423734868663_0289_m_000000_0 - выход: java.io.IOException: R VM завершил работу с кодом завершения: 1, выход:
Запуск сценария
[1] ЗНАЧЕНИЕ TRUE
$fileName
[1] NA
$start
[1] 0
$length
[1] 0
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_Z21CriticalSignalHandleri+0x1e)[0x7fe02d3d423e]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(+0x7e2628)[0x7fe0282f8628]
/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71.x86_64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so(JVM_handle_linux_signal+0x95)[0x7fe0282fea55]
/lib64/libpthread.so.0[0x30cec0f710]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZNK10CxAnalysis19HaveWriteDataSourceEv+0x0)[0x7fe02acbc280]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libExaCore.so.2(_ZN10CxAnalysis18GetWriteDataSourceEv+0x9)[0x7fe02acbcb49]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z19RxComputeHadoopTaskR11RListObjectR11RxAllocator+0x3b3)[0x7fe02e2a5d23]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(_Z10RxUtilBaseP7SEXPREC+0x6db)[0x7fe02e2b2fab]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/library/RevoScaleR/rxLibs/x64/libRxLink.so.2(RxUtil+0x34)[0x7fe02e2b3f14]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0x9f36b)[0x7fe04083536b]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_eval+0x871)[0x7fe04086be91]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(Rf_ReplIteration+0x212)[0x7fe0408946a2]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(+0xfea59)[0x7fe040894a59]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/lib/libR.so(run_Rmainloop+0x44)[0x7fe040894f64]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R(main+0x1b)[0x40084b]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x30ce41ed5d]
/usr/lib64/Revo-7.3/R-3.1.1/lib64/R/bin/exec/R[0x400739]
Сбой сегментации.
в com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.waitFor(Rscript.java:103)
в com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.Rscript.run(Rscript.java:59)
в com.revolutionanalytics.scaleR.hadoop.RDelegatingMapper.run(RDelegatingMapper.java:73)
в org.apache.hadoop.mapred.MapTask.runNewMapper (MapTask.java:773)
в org.apache.hadoop.mapred.MapTask.run (MapTask.java:345)
в org.apache.hadoop.mapred.YarnChild$2.run (YarnChild.java:167)
в java.security.AccessController.doPrivileged (собственный метод)
в javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:415)
в org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1469)
в org.apache.hadoop.mapred.YarnChild.main (YarnChild.java:162)
На платформах MapR 4.0.1 это из-за конфигурации среды предприятия R революции, используя неправильный libhdfs.so библиотеки.
Чтобы устранить проблему, убедитесь, что следующие шаги по настройке после установки была сделана для революции 7.3 R MapR 4.0.1 кластеров:
На узле «клиент» создайте общий каталог собственной файловой системы для каждого пользователя.
1. /var/RevoShare/mapr -p mkdir sudo
3. chmod 777 /var/RevoShare/mapr
4. Добавление. /USR/lib64/Revo-7.3/Scripts/RevoHadoopEnvVars.Site для /home/mapr/.bash_profile
На каждом узле работника внесите следующие изменения:
# cp scaleR-hadoop-0.1-SNAPSHOT.jar /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/ # ln -s /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so /usr/lib64
# mv /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/lib/native/libhdfs.so.save
Установка R революции автоматически создает ссылку на проекционная hadoop 0,1 SNAPSHOT.jar в $HADOOP_HOME/lib. Тем не менее это неправильный каталог (учтенное ошибки) и файл должны быть связаны или скопирован в /opt/mapr/hadoop/hadoop-2.4.1/share/hadoop/common/lib/.
Связывание /opt/mapr/hadoop/hadoop-0.20.2/c++/Linux-amd64-64/lib/libhdfs.so в /usr/lib64 обеспечивает обнаружила правильной libhdfs.so революции R. Третий этап – необходимость перемещения libhdfs.so проблемы в сторону.
