Om DeployR är installerat i en Linux-miljö med hjälp av rotanvändaren, Tomcat, MongoDB, körs Rserve processer samt R-sessioner som åberopas för att köra skript alla som användare 'Apache'. Åtkomst till skript och datauppsättningar som tillträdeskontroller SELinux bör beakta detta.
Om DeployR har installerats med hjälp av en rotanvändare körs alla DeployR processer och R-sessioner som den användaren.
En icke-root-installation av DeployR rekommenderas på Linux.