Problemet
När jag installerat DeployR på vår Server du har ändrat sökväg till installationsmappen och därför det gick inte att installera korrekt.
Det verkar som mongo installationspaketet inte använda blanksteg i sökvägen till filen (jag installerats i C:\Program Files).
Lösning
Avinstallera och installera DeployR använda standardsökvägen och att det sedan igen.