Érdemes biztonsági másolatot készítenie a jegyzetfüzetekről, csakúgy, mint a számítógépen tárolt egyéb fájlokról és adatokról. Bárkivel előfordulhat, hogy elromlik a merevlemeze, és ha ez megtörténik, a jegyzetei örökre elvesznek. Ha rendszeresen készít biztonsági másolatot jegyzetfüzeteiről, szükség esetén bármikor visszaállíthatja őket.
A OneNote képes manuális, sőt automatikus biztonsági másolatot készíteni minden munkájáról, de ez jelenleg nem lehetséges a Webes OneNote-ban. A funkció OneNote 2016 asztali appban való elvégzésének részletes leírását a Jegyzetek biztonsági mentése és visszaállítása biztonsági másolatból című témakör tartalmazza.