Ak DeployR je nainštalovaný v prostredí Linux pomocou používateľ root, Tomcat MongoDB, Rserve procesy, ako aj R relácie použiť na spustenie skriptov spustí ako používateľ "Apache". Skripty a množín údajov, ako aj všetky kontroly prístupu SELinux by mala zohľadniť.
Ak DeployR je nainštalovaný pomocou-root používateľa, všetky procesy DeployR a R relácie ako používateľ spustí.
Odporúča sa inštalácia-root DeployR Linux.