Nếu DeployR được cài đặt trong môi trường Linux bằng cách sử dụng máy chủ người dùng Tomcat, MongoDB, Rserve xử lý cũng như phiên R gọi chạy tập lệnh tất cả sẽ chạy như người dùng 'Apache'. Sử dụng tập lệnh và tập dữ liệu cũng như bất kỳ kiểm soát truy cập SELinux phải thực hiện điều này vào tài khoản.
Nếu DeployR được cài đặt bằng cách sử dụng một người dùng gốc, quá trình DeployR và R phiên sẽ chạy với người dùng.
Cài đặt gốc của DeployR được khuyến nghị trên Linux.